یک سفینه فضایی بیگانه عظیم با قدرت شگرف سه ناو جنگی قدرتمند کلینگون را نابود می‌کند در حالی که به سمت فضای فدراسیون حرکت می‌کند. دریادار جیمز تی. کرک دستور می‌گیرد که فرماندهی USS Enterprise را برای اولین بار از زمان ماموریت تاریخی پنج ساله‌اش به عهده بگیرد. ایستگاه فضایی اپسیلون IX به فدراسیون هشدار می‌دهد، اما آن‌ها نیز توسط سفینه بیگانه نابود می‌شوند. تنها ناو در دسترس، انترپرایز است که پس از یک بازسازی بزرگ در خشک‌دریای مدار زمین قرار دارد. کرک اعضای باقی‌مانده از خدمه‌اش را جمع می‌کند، اعضای جدیدی به گروه اضافه می‌کند و عازم مقابله با سفینه بیگانه می‌شود. اما حالا سه سال از آخرین سفر کرک به فضا گذشته است؛ آیا او می‌تواند ماموریت نجات زمین را انجام دهد؟