در نیویورک، «شردر» (با بازی ساکی تو) که استاد یاغی نینجا است، گروهی از بچه‌های ناراضی شهر را جمع کرده و گروهی به نام «فوت» را تشکیل می‌دهند. این گروه مردم را غارت کرده و تهدید می‌کنند. تا اینکه موجودات مرموزی، زن خبرنگاری به نام «اونیل» (با بازی هوگ) را که از مخالفان فعال این جنایات است، از دست اوباش نجات می‌دهند. این موجودات، لاک‌پشت‌های نینجای دگرگون‌شده و نوجوان هستند که مهارت‌های نینجا دارند. این چهار لاک‌پشت، در تلاش هستند تا با همکاری با «اونیل»، شردر و گروهش را متوقف کنند و نیویورک را از تهدیدات این گروه نجات دهند.