تاریکی بر نیویورک سایه افکنده است، زیرا شردر و گروه شرور فوت کلن با کنترل پلیس و سیاستمداران، قدرت مطلق را در دست دارند. آینده‌ای تاریک در پیش است، تا اینکه چهار برادر طردشده و غیرمنتظره از فاضلاب‌ها سر برمی‌آورند و سرنوشت خود را به عنوان لاک‌پشت‌های نینجای جهش‌یافته کشف می‌کنند. آن‌ها باید با خبرنگار شجاع، آپریل اونیل، و فیلم‌بردارش، ورن فنویک، همکاری کنند تا شهر را نجات داده و نقشه‌ی شیطانی شردر را برملا کنند.